2XXX年。度重なる世界大戦の末、地球環境が崩壊し、人類は滅亡の危機に直面していた。
人々は、最後の希望として理想都市「アガルタ」を地下に築く。そこでは、すべての者が平等で平穏な生活が営まれていた。

その一方、地上に取り残された人々は、いずれ崩壊するであろう「シェルター」での生活を余儀なくされる。

主人公セツヤは、アガルタの孤児院「希望の園」で平凡な日々を送っていた。

だが、彼の平穏な日常は、ある日突然、不思議な能力に目覚めたことで一変する。

驚きと戸惑いの中、セツヤの前に現れたのは謎の黒髪の男だった。

「君に危険が迫っている。」―その言葉が、セツヤの運命を大きく揺さぶる。

理想都市「アガルタ」の裏側に隠された真実とは――。

セツヤの選んだ道が、人類の運命を大きく揺るがす。

この混乱の時代に、彼は何を選び、どのような未来を築くのか。